藏藥的使用和藏醫(yī)的理論體系是緊密結(jié)合的。藏醫(yī)將“龍”、“赤巴”、“培根”三因素所引起的疾病都?xì)w結(jié)為“寒癥”、 “熱癥”兩大類型，藏藥方劑亦按其性質(zhì)將藥區(qū)分為“熱性”、 “寒性”兩大性能。藏醫(yī)在治療“寒癥”時(shí)用“熱性”藥，治療“熱癥”時(shí)用“寒性”藥。
藏藥按性、味、效分類，按八性、六味、十七效來分細(xì)類。八性將藏藥分為輕、重、潤、糙、銳、鈍、涼、熱八種性質(zhì)；六味將藏藥分為甘、酸、苦、辛、咸、澀六種味道。他們認(rèn)為，甘可滋補(bǔ)，酸助消化，苦可降火利膽，辛能除濕去寒流，咸能溫胃去虛，澀可調(diào)合諸味；十七效將藏藥歸納出柔、重、溫、潤、穩(wěn)、寒、鈍、涼、軟、稀、干、干枯、熱、輕、銳、糙、動(dòng)等十七種效能。如“龍”病中有一種病的性質(zhì)屬“輕”，表現(xiàn)為心神不定，神情恍惚，藏醫(yī)則采用“重”效能的藥物去治療。余此類推。
藏藥治病多采用數(shù)藥合成，很少使有單方。許多藥方配藥都在25種以上，有的甚至高達(dá)七八十種、一百多種。如”罵奴稀湯”多達(dá)130味”，然納桑培”配方多達(dá)70味。每個(gè)方劑的名稱大都是主藥加方藥總味數(shù)合成。如“然納桑培”中“然納”是珍珠，“桑培”是70，譯成漢語即”珍珠七十”。
藏藥在使用上大都有副品或代替品。為了解決珍貴藥源不足的問題，藏藥除本名正藥外，特規(guī)定了與此藥性質(zhì)、類別相同、相近的副品或代用品。正品用”卻”注明，代替品用“慢恩巴”注明。
藏醫(yī)用藥講究調(diào)伏增效、適當(dāng)配制，即各類藥物適配對(duì)治。根對(duì)治骨骼病，枝對(duì)治脈絡(luò)病，莖對(duì)治肌肉病，葉對(duì)治六腑病，葉液對(duì)治骨髓病，芽對(duì)治骨血精液病，花對(duì)治眼病，果實(shí)對(duì)治內(nèi)臟病，尖對(duì)治頭部病，外皮即樹干下部之皮對(duì)治皮膚病，韌皮治筋病，樹脂對(duì)治四肢病。只有這樣，才能充分發(fā)揮藥物的性、味、效，才能更好地治療疾病。
藏醫(yī)非常重視藏藥的加工與炮制?！秴f(xié)據(jù)》記載，藏藥的采集加工應(yīng)做到“適地采集，適時(shí)采集，干燥揀選，分清陳舊，炮制去毒，調(diào)伏增效，適當(dāng)配制”等工序。藥物分別生長在雪山、高山、涼爽、溫暖、具有日月光華之力的地方，要采集色鮮味艷、沒有被蟲蛀咬，沒有被火燒焦，沒有被大自然損傷，沒有被陽光、陰影、水所害，適時(shí)穩(wěn)固生長，根大而深，向陽生長的藥物。關(guān)于采集時(shí)節(jié)，藏醫(yī)認(rèn)為，花蕾、莖枝在旺盛時(shí)采，根、種子在秋季挖，葉子在夏季采，花在初夏采，果實(shí)在秋天收，樹皮在冬春秋采集，樹脂在春秋采集。采集后的藥物通過炮制，不但能消除或降低毒性，而且可適當(dāng)改變某些藥物的性能，借以提高藥物的療效。 主要炮制的方法有三種：火制法、水制法和水火合制法。藏醫(yī)治病的劑型主要有散劑、水丸劑和湯劑、膏劑、脂劑五種。他們把制好的藥物按病人癥狀分別配制成散劑、丸劑、膏劑、脂劑，讓病人服用，非常方便。
